Il toponimo deriverebbe dal greco "Palicanea", ossia "la nuova Palica" e farebbe riferimento al nuovo insediamento che sostituì l'antica Palica, fondata, secondo la tradizione, nel V secolo a. C. da Ducezio presso il preesistente tempio dedicato al culto dei Palici, e successivamente distrutta. Il ritrovamento, nel territorio comunale, di grotte e rifugi testimonierebbe la presenza di numerose comunità; cristiane insediatesi in prossimità; del centro abitato fin dagli inizi dell'alto medioevo. Nel 1073 la terra di Palagonia, assieme ad un vastissimo territorio, fu oggetto di una donazione fatta dal Conte Ruggero al vescovo di Siracusa e poi ratificata da una bolla del pontefice Urbano II. Nel 1407 il feudo, dopo numerosi passaggi verificatisi nei decenni precedenti, pervenne a Giacomo Gravina, alla famiglia del quale, che fu investita da Filippo IV del titolo di Principi di Palagonia, esso rimase per secoli. Fra la fine del XVIII e quella del XIX secolo la popolazione del paese fece registrare un considerevole incremento, passando dalle 3.828 unità; censite nel 1798 alle 4.398 nel 1852 ed alle 6.950 nel 1890. Le riforme amministrative del 1816-19 decretarono l'istituzione di Palagonia a Comune autonomo all'interno dellla Sottintendenza di Caltagirone, ma non videro un sostanziale mutamento negli equilibri di potere interni all'èlite municipale, nella quale il controllo del potere decisionale continuò ad essere di esclusivo appannaggio degli alleati dei Principi Gravina